Macross Frontier - Sau một cuộc chiến thảm khốc chống lại một chủng tộc khổng lồ được gọi là Zentradi, nhân loại đã trốn thoát về phía trung tâm của dải ngân hà trên một đội tàu thuộc địa có tên là Macross Frontier. Khi mối đe dọa ngoài hành tinh bị bỏ lại càng ngày càng xa, cuộc sống trên Macross Frontier diễn ra như thường lệ. Vào năm 2059, một phi công mecha tập sự trẻ tên là Alto Saotome và các đồng nghiệp của anh đang chuẩn bị thực hiện một màn trình diễn phụ họa cho nữ ca sĩ nổi tiếng Sheryl Nome, người đã đến Macross Frontier để tổ chức một buổi hòa nhạc. Trong buổi biểu diễn, một loài sinh vật ngoài hành tinh cơ học sinh học được gọi là Vajra đột ngột xuất hiện, phá vỡ vành đai phòng thủ bao quanh con tàu và hạ cánh gần địa điểm tổ chức buổi hòa nhạc, khiến cả thành phố rơi vào hỗn loạn. Khi những người tham dự buổi hòa nhạc sơ tán, một cô gái trẻ tên Ranka Lee bị bỏ lại và trở thành mục tiêu của Vajra, nhưng cô được Alto cứu vào phút cuối. Sau những sự kiện này, chương trình Dịch vụ Quân sự Chiến lược ghi nhận kỹ năng chiến đấu của Alto, dẫn đến việc anh được tuyển dụng để chống lại mối đe dọa ngoài hành tinh mới. マクロスF（フロンティア）- 西暦2059年。 超長距離移民船団「マクロス・フロンティア」に、「マクロス・ギャラクシー」出身のアイドル・シンガー 「シェリル・ノーム」がコンサートのために来艦する。 そんなシェリルに憧れる女子高生、「ランカ・リー」は、念願だったシェリルのコンサートに急ぐ途中、 パイロット養成コースの高校生「早乙女アルト」と出会う。 と、そんな中、突如「フロンティア」は未知なる敵と遭遇。 しかも敵は地球人でも異星人でもなく、未知の宇宙生物だった!強力な攻撃能力により、次々とダメージを受ける新統合軍部隊…。 やがて宇宙生物は市民たちの居住エリアに侵入。平和な宇宙船の中も、ひとたび戦闘状態となれば、人工的な環境制御が停止してしまう危険性をはらんでいる。 事態の収拾に向け、ランカのたった一人の身よりである兄・オズマ率いる特殊軍事部隊SMSのVF-25部隊が出動することになるが、ランカは兄が危険な戦闘機乗りであることを知らされていなかった。 はたして、宇宙生物の数は?能力は?目的は? そしてマクロスフロンティアの運命は…!?
