Vào buổi bình minh của thế kỷ 21, phép thuật, từ lâu được coi là dân gian và truyện cổ tích, đã trở thành một công nghệ có hệ thống và được dạy như một kỹ năng kỹ thuật. Tại Trường Trung học Đệ nhất, một tổ chức dành cho các pháp sư, học sinh được phân chia thành hai nhóm dựa trên điểm thi đầu vào: "Blooms", những người đạt điểm cao, được xếp vào Khóa Nhất, trong khi "Weeds" là những học sinh dự bị được xếp vào Khóa Hai. Mahouka Koukou no Rettousei theo chân anh em Tatsuya và Miyuki Shiba, những người đang theo học tại Trường Trung học Đệ nhất. Sau khi tham gia kỳ thi, Miyuki tài năng được xếp vào Khóa Nhất, trong khi Tatsuya bị đưa xuống Khóa Hai. Mặc dù điểm thi thực hành và tình trạng "Weed" cho thấy anh không có năng lực phép thuật, nhưng anh sở hữu kiến thức kỹ thuật phi thường, khả năng chiến đấu thể chất và các kỹ thuật phép thuật độc đáo - khiến Tatsuya trở thành một người bất thường tại một trường trung học phép thuật. 魔法。それが伝説や御伽噺の産物ではなく、現実の技術となってから一世紀が経とうとしていた。 そして、春。 今年も新入生の季節が訪れた。 国立魔法大学付属第一高校―通称『魔法科高校』は、成績が優秀な『一科生』と、その一科生の補欠『二科生』で構成され、彼らはそれぞれ『花冠』(ブルーム)、『雑草』(ウィード)と呼ばれていた。 そんな魔法学校に、一組の血の繋がった兄妹が入学する。 兄は、ある欠陥を抱える劣等生(ウィード)。 妹は、全てが完全無欠な優等生(ブルーム)。 そこか達観したような面持ちを見せる劣等生の兄と、彼に肉親以上の想いを寄せる優等生の妹。 二人がこのエリート校の門をくぐったときから、平穏だった学びの園で、波乱の日々が幕開いた。
